ICH Q5A (R2)（2023 年11 月采用）是生物制品生产中所用细胞库病毒安全性评价的关键监管指导文件。该指南现特别引用二代测序（NGS）作为先进的病毒检测工具，也是替代动物模型病毒检测并符合动物伦理的方法。“NGS可替代体内试验进行广谱的病毒检测，用于检测未知或非预期的病毒种类。NGS也可以补充或替代体外细胞培养试验，用于检测已知、未知或非预期的病毒种类。此外，该检测法还可用于检测已知病毒，并替代HAP、MAP和RAP试验以及其他病毒特异性PCR检测法。” Charles River通过与 PathoQuest 的合作，我们扩展了综合服务组合，包括为制药和生物技术公司提供下一代测序 (NGS) 服务。这些服务包括NGS法外源病毒检测及特异性病毒检测、病毒载体和质粒鉴别及整合位点分析（ISA)等。
外源病毒可能会污染生物制药的生产系统，如不被发现，会对终产品造成风险。NGS检测是一种不需要靶向引物来寻找病毒污染的技术，它能够同时“扫描”数百万个RNA/DNA序列，在识别出感兴趣的序列后，利用生物信息学分析，确定与已知病毒的匹配，并有可能识别出新的未知病毒。我们利用宏基因组学的方法，为病原体的鉴定提供了一种更为灵敏和全面的方法，该方法允许从生产样品中鉴定病原体，如：
PathoQuest在微生物学和病毒学方面的专业知识与Illumina先进的NGS测序平台相结合，使我们成为研究细胞系和病毒库的独特解决方案供应商，NGS可用于细胞系/株鉴别和/或纯度（单克隆性）评估。 我们提供 Nanopore MinIon, MiSeq或 NextSeq的测序服务，包括STR（短串联重复序列）分析（DNA指纹图谱）、插入或靶向序列比较。对于全基因组测序，我们提供MiSeq或NextSeq系统服务，并在快速周转时间内实现从头组装或与参考序列比对。NGS让您不必进行多个实验，一次运行即可获得多重结果。
NGS细胞系/株检定服务包括：
从研发阶段到上市产品批次放行，下一代测序 (NGS) 宏基因组方法还能检测生物制品开发过程使用的各种生物培养基/介质和其他成分，包括对污染情况的调查。在病毒安全检测方案中纳入原材料检测，可以降低在生产过程后期出现污染物的风险。
通过与体内动物接种法头对头实验比较，证明RNAseq转录组测序可以取代应用于细胞库的体内测试，同时提供了更好的安全保证。
Charles River Laboratories 和PathoQuest 合作，成功进行了一项研究，证明iDTECT® 转录组分析可检测所有MAP/HAP/RAP 的目标病毒以及可能的病毒变体。
我们可以向客户提供这项加标研究的数据，以证明iDTECT®转录组测序替代两类动物分析方法的合理性。 研究数据证明，其经GMP 验证的NGS iDTECT® 转录组分析在啮齿类动物细胞系表征方面优于MAP/HAP/RAP。该分析利用NGS 的能力来筛选细胞系中任何复制的病毒污染物，并可替代两种强制性动物试验：体内法（in vivo）外源病毒检测和MAP/HAP/RAP 检测。NGS在质粒和病毒载体鉴别方面也有其独特的优势。
根据监管规定，企业应提供制剂鉴别结果。对于含有遗传物质的病毒载体的鉴别测试，应对其进行核酸测序。另外，质粒原材料应与成品一样，采用NGS技术进行鉴别，以保证生产质量。NGS技术的处理量更多、规模更大、速度更快，相比传统的Sanger测序法有非常大的进步。具体而言，NGS技术能进一步提供有关产品中遗传变异的信息，尤其是罕见或极罕见的突变。
NGS技术相较于Sanger测序的优点：
我们经过验证的整合位点分析方法可以用于克隆筛选，遗传稳定性研究及批放行检测。可用于以下样品：单抗或重组蛋白细胞库，病毒载体，细胞治疗产品批次，疫苗，基因治疗产品及细胞培养肉细胞库。
NGS长读长ISA的优势：
